Biuro Obsługi Transportu Międzynarodowego jest gospodarstwem pomocniczym Ministerstwa Infrastruktury. Biuro Obsługi Transportu Międzynarodowego zostało powołane zarządzeniem nr 311 Ministra Transportu i Gospodarki Morskiej z dnia 20 grudnia 1991 r. w sprawie utworzenia gospodarstwa pomocniczego Ministerstwa Transportu i Gospodarki Morskiej pod nazwą "Biuro Obsługi Transportu Międzynarodowego".

W chwili obecnej strukturę wewnętrzną Biura określa Regulamin Organizacyjny Biura Obsługi Transportu Międzynarodowego gospodarstwa pomocniczego Ministerstwa Transportu z dnia 20 kwietnia 2007 r.